La laguna de El Junco tiene una superficie de 60.000 m2 y su volumen es de 360.000 m3, equivalente a 9 millones de galones de agua. Su diámetro es de 270 m. y su máxima profundidad es de 6 m. Está alimentada solamente con las aguas de lluvia, en el tiempo de sequía decrece hasta un 1 m. y cuando se presentan lluvias fuertes aumenta su nivel hasta rebosarse formando un riachuelo. La laguna El Junco se encuentra a 19 kilómetros del puerto dentro de un volcán grande, ahora extinto, su nombre proviene de un tipo de planta que es común en sus alrededores, denominada "junco". La laguna también está rodeada de Miconia especie de flora endémica de Galápagos, además es uno de los sitios preferidos por las fragatas que vuelan y rozan sus aguas con el agua dulce.

La playa queda a 10 minutos del aeropuerto de San Cristóbal. La Lobería es una playa de arena coralina ha sido llamada así por la gran cantidad de lobos marinos que reposan en sus rocas y arena. Es uno de los sitios donde se puede practicar el surf. En el recorrido se encontrará mangle botón, mangle blanco, chala, palo santo, algodón, Tiquilia, mañana gloriosa y otras especies de la zona litoral, como el cacho de chivo, cuyas semillas son el alimento principal de varias especies de pinzones. Además de los lobos marinos, se podrán observar aves como el canario maría, fragatas y varias especies de pinzones. En las rocas, encontrarán iguanas marinas de Galápagos de gran tamaño, únicas en el mundo. Se puede distinguir a los machos lobos marinos de las hembras por el tamaño. El macho suele ser más grande y fuerte, llegando a pesar hasta 250 Kg. cuando son adultos; se distinguen además por tener una protuberancia en la cabeza. Socialmente se organizan en colonias o harenes. Cada colonia está compuesta por un macho dominante y alrededor de 30 hembras con sus respectivos cachorros. Los lobos marinos son animales con un marcado sentido territorial. Los machos adultos defienden sus límites de otros machos. Pasan gran parte del día vigilando su espacio y emitiendo una serie de sonidos y movimientos reafirmando su poderío territorial. Algunas veces pueden ser agresivos con los humanos. Hay que mantener una distancia prudencial.